La chiesa di San Giovanni Battista è detta degli Almadiani perché costruita a spese del nobile viterbese Giambattista Almadiani, Protonotario Apostolico e Prelato Domestico di papa Leone X. La chiesa iniziata nel 1510, fu terminata nel 1515. In seguito, annesso alla chiesa, fu costruito un convento per i padri carmelitani della congregazione di Mantova, detti anche volgarmente del cappel bianco.
La costruzione del complesso trae origine dal fatto che, trovandosi l'Almadiani in Germania, aveva stretto amicizia con un cavaliere originario di Mantova. Giunto il cavaliere in punto di morte, espresse all'amico il suo grande rammarico di dover morire senza poter portare a termine un progetto che accarezzava da lungo tempo, fondare cioè un convento per i frati carmelitani. Giovambattista Almadiani, appreso il desiderio dell'amico, gli promise che avrebbe provveduto a realizzare il progetto, cosa che fece appunto a Viterbo, non appena rientrato in patria.
La chiesa, in puro stile rinascimentale è dotata di un campanile in stile gotico a fascioni alterni bianchi e grigi che richiama quello del duomo.
Dopo il 1870, in seguito all'entrata in vigore della legge sulla confisca dei beni appartenenti ad ordini religiosi, il complesso è divenuto proprietà del comune. Spogliato degli arredi e delle opere d'arte che conteneva, nel corso del tempo fu adibita a diversi usi, da palestra a rimessa dell'attrezzatura per la nettezza urbana, fino all'uso attuale, senz'altro più consono, di spazio per manifestazioni culturali. Alcune opere d'arte provenienti da questa chiesa quali il busto in terracotta dell'Almadiani e la lunetta, sempre in terracotta invetriata di Andrea della Robbia, che si trovavava sopra il portale di ingresso, si possono oggi ammirare presso il museo civico della città, altre sono state trasferite in altre chiese.
Il complesso è restato integro fino al 1918 quando si verificò il crollo di una parte del convento mentre negli anni trenta ha subito una notevole trasformazione essendo stato interessato dalla sistemazione dell'area urbana circostante con la copertura del fosso Urcionio e la sistemazione di via Ascenzi, via Marconi, piazza Martiri d'Ungheria. In questa occasione venne demolito il coro della chiesa e sostituito con una falsa abside, demolita poi negli anni '50, smontato il campanile e ricostruito arretrato di 4 metri, demolita la sacrestia. La sacrestia era decorata da un pregevole fregio in grisaille (tecnica pittorica monocromatica imitante il bassorilievo) che correva sotto il soffitto. Il fregio fu in parte staccato e venduto, oggi se ne possono ammirare ampi frammenti in collezioni che si trovano a Roma e in America.
La facciata che da su via Cesare Dobici, in puro stile rinascimentale, presenta un portale architravato sormontato da una lunetta a suo tempo decorata da una terracotta di Andrea della Robbia raffigurante una Madonna con Bambino, oggi conservata presso il museo civico. Al di sopra, su una mensola, è posta una statua in marmo raffigurante San Giovanni Battista. Su due nicchie, ai lati dell'ingresso, campeggiano le statue di San Pietro e di San Paolo, nella parte superiore della facciata è presente un grande oculo.
Al suo interno la chiesa si presenta a tre navate divise da colonne in peperino sormontate da archi a tutto sesto.
Nella parte posteriore della chiesa è stato realizzato, con materiale di recupero, un grande portale architravato che funge da unico ingresso.