La chiesa di S. Giovanni in Zoccoli è una delle più antiche della città. La data della sua costruzione è incerta, probabilmente essa risale ai primi decenni dell'XI secolo. Prendendo per buona una notizia riferita dal Bussi su una campana colpita dal fulmine e rifusa nel 1607, era incisa la data 1037.
Incerto è anche l'origine del suo nome, non appare molto probabile l'interpretazione che vuole il nome derivante dalla corruzione del termine ciotola corrotta in ciocola e poi inzoccoli con il quale si indicava la ciotola usata dal Battista. Essendo la chiesa senza ombra di dubbio dedicata a San Giovanni Evangelista e molto più attendibile la teoria che fa derivare il nome dalle ciotole smaltate che inizialmente dovevano costituire una decorazione della facciata originaria.
La chiesa di forma basilicale presenta una facciata a capanna spezzata impreziosito da due elementi architettonici molto particolari. Uno splendido rosone in un quadrato a mosaico inserito nella parte superiore della facciata con ai lati due sculture rappresentanti due aquile emblemi del santo Evangelista e due archi a sesto ribassato che collegano la facciata stessa con il palazzo posto di fronte ad essa. I due archi molto probabilmente furono costruiti insieme alla chiesa e servono a scaricare la forte spinta degli archi delle navate, dato che il pavimento è fortemente inclinato verso l'ingresso.
L'interno della chiesa con tetto a capriate è in stile romanico, diviso in tre navate terminanti con tre absidi. Le colonne che dividono le navate non sono monolitiche ma costituite da grossi blocchi di pietra sovrapposti alla cui sommità sono posti dei capitelli a doppio toro scolpiti in maniera piuttosto rozza, su di esse poggiano degli archi a tutto sesto. Il presbiterio risulta innalzato rispetto alla chiesa e gli archi in quel punto sono più alti e più larghi.
La chiesa è stata oggetto di numerosi interventi di restauro nel corso dei secoli, tra i più importanti ricordiamo quello del 1880 e quello seguito alla ricostruzione dopo i bombardamenti subiti durante l'ultimo conflitto.
Nel corso del restauro ottocentesco è stato completamente ricostruito il portale di ingresso con decorazione a stelle basandosi per il suo rifacimento su un frammento originale, nella sua lunetta è affrescato San Giovanni in posa estatica come in preda a una sua visione dell'apocalisse. Nel corso di questo stesso restauro, sopra l'altare maggiore fu costruito un baldacchino tabernacolo in pietra che probabilmente non era presente nella chiesa originaria, esso andò distrutto nei bombardamenti dell'ultima guerra e non è stato più ricostruito.
Nell'abside centrale, sotto una monofora istoriata con San Giovanni Evangelista, è collocata la sedia episcopale, in forma molto arcaica e probabilmente appartenuta alla chiesa primitiva. Essa è priva di schienale e presenta due braccioli leggermente ricurvi.
Al centro del presbiterio è posto l'altare maggiore. Si tratta di un parallelepipedo di pietra che indubbiamente ha subito notevoli mutazioni nel corso dei secoli. Oggi possiamo ammiralo così come è stato restaurato nel corso dell'intervento dell'800. Risulta originale la parte anteriore a colonnine, la mensa o lastra di coperchio e parte della base. Nel corso del restauro furono ricostruiti un fianco e tutta la parte posteriore.
All'interno della chiesa, degno di ammirazione, è conservato uno splendido polittico dipinto nel 1441 per l'altare maggiore da Francesco d'Antonio da Viterbo detto il Balletta. Decorato con cuspidi di forma gotica presenta nella parte centrale un'immagine della Vergine con Bambino. Alla sua sinistra San Pietro e San Giovanni Battista, alla sua destra San Giovanni Evangelista e San Paolo. Altre figure minori sono raffigurate nelle due cuspidi laterali, la predella invece presenta scene di miracoli operati dall'Evangelista.