Finestra istoriata sulla parete destra dell'abside.



Particolare del mosaico che ricopre la tomba di papa Adriano V.



Le insegne di Papa Pio XII che nel 1949 elevò la chiesa a basilica minore.



Il campanile a vela che sovrasta la chiesa.



Veduta della facciata come si presenta oggi dopo la ricostruzione seguita ai bombardamenti dell'ultima guerra.

La tradizione racconta che San Francesco fosse a Viterbo nel 1209, mentre era in città papa Innocenzo III; le cronache dell'epoca riportano anche che fosse viterbese fra Leone, il compagno del Santo che per primo lo seguì ad Assisi. Non stupisca dunque se nel 1236, appena dieci anni dopo la morte di San Francesco, Gregorio IX pensò di far costruire a Viterbo una Chiesa e un Convento per i frati Minori, donando all'Ordine una vasta area sul colle di Sonsa, presso l'attuale piazza della Rocca. La Legenda antiqua S. Rosae testimonia poi che già nel 1250 la Chiesa doveva essere stata completata, se la giovane Santa vi si recava in processione.
L'organismo architettonico odierno appare chiaramente il frutto di due fasi diverse, ma gli storici si dividono sull'argomento: alcuni sostengono che l'edificio francescano sia andato ad ampliare una chiesa, dedicata a S. Angelo, già esistente sul terreno della donazione. Altri, come la Valtieri, sposano la tesi secondo cui la chiesa fu costruita ex novo, partendo dalla navata longitudinale che rappresenterebbe il primo corpo della chiesa francescana, successivamente innalzata e ampliata poi con il presbiterio gotico. Quest'ultimo risulta senza dubbio molto più monumentale rispetto alla navata, sia per la presenza della grande quadrifora, ispirata a quella della facciata dell'abbazia di San Martino al Cimino, sia per la maggiore cura del dettaglio decorativo. Tale grandiosità indica un rafforzamento dell'Ordine monastico, in un periodo in cui San Bonaventura da Bagnoregio era ministro generale dell'Ordine, tra il 1257 e il 1274 (anno della sua morte) e a Viterbo risiedeva la corte papale. Secondo la Valtieri, la docenza del Santo alla Sorbona proprio negli anni del cantiere della Sainte Chapelle di Parigi spiegherebbe le strette somiglianze che intercorrono tra le due chiese nei capitelli e negli altri ornamenti del coro. Inoltre, documenti del 1266 testimoniano l'importanza raggiunta in questi anni dal Convento dei Minori: un potente cittadino viterbese, Oddone degli Alessandri, ne risulta economo ed amministratore, segno che la chiesa riceve cospicue donazioni, tali da poter garantire importanti modifiche ed ampliamenti. Questi andranno avanti fino ai primi del '900, seguendo ora il gusto barocco ora le esigenze strutturali (dissesti statici si manifestarono più volte nel corso dei secoli nell'organismo architettonico).
Il primo nucleo dell'edificio doveva probabilmente avere delle forme piuttosto sobrie, prendendo come modello la chiesa madre di Assisi, da poco ultimata, e quella di Santa Chiara, della quale quella di S. Francesco riprende alcune particolarità stilistiche e dimensionali. Secondo il Pinzi, l'interno, a croce latina, senz'abside, aveva in origine un unico altare e i tre bracci superiori erano coperti da altissime volte a sesto acuto, mentre solo il braccio inferiore era sormontato da un tetto a scheletro. Oltre all'innalzamento della navata e alla costruzione del presbiterio, nel corso del tempo furono aggiunte diverse cappelle, a spese di privati cittadini, tra cui ricordiamo nel braccio destro quella della famiglia Gatti, in cui si osserva ancor oggi lo stemma gentilizio. Dalla parte opposta, in fondo al braccio sinistro, il notaio Ceccolini fondò una cappella in onore di S. Maria degli Angeli, mentre Alessandro Sannelli rimise a nuovo la cappella del Crocefisso, e Valerio Bussi restaurò quella di sant'Antonio, ottenendo entrambi il giuspatronato riservato alle loro famiglie.
Un discorso a parte meritano i magnifici monumenti sepolcrali della Chiesa. Tre papi vi sono sepolti: in periodi d'invasioni e sopraffazioni barbariche, infatti, Roma non offriva troppa sicurezza e i Papi scelsero spesso di risiedere a Viterbo. Il primo di questi, Clemente IV, morì nella nostra città il 29 novembre 1268 e il suo monumento, attribuito a Pietro di Oderisio, si trova nel braccio sinistro della crociera; venne spostato a San Francesco dalla chiesa di Santa Maria in Gradi nel 1885. Il secondo papa di cui la Chiesa conserva le spoglie è Adriano V (al secolo Ottobuono dei Fieschi) morto nel 1276 dopo appena 39 giorni di pontificato. Il suo mausoleo si trova nel braccio destro della crociera: vero gioiello dell'arte medievale, fu per molto tempo attribuito al Vassalletto, e solo ai primi del novecento rivendicato ad Arnolfo di Cambio. Il terzo monumento funebre appartiene a Vicedomino de' Vicedomini, che non viene incluso nella serie ufficiale dei Papi perché morì il 5 settembre 1276, lo stesso giorno della sua elezione e prima dell'incoronazione. Il suo mausoleo, collocato a ridosso di una parete del braccio sinistro, riporta l'incisione “in un sol giorno ebbe il soglio di Pietro e la pietra sepolcrale”. Altri uomini illustri riposano in questa Chiesa: il Cardinale Giorgio Pironti (morto durante il lungo conclave del 1268), il Cardinale Marco da Viterbo, il Cardinal Landriano, il Vescovo Pietro Le Gros e Pietro di Vico (ghibellino nipote di Clemente IV). Accolto nella Chiesa anche il mausoleo di una gentildonna sconosciuta, forse una Tornabuoni di Firenze.
In posizione angolare, sulla facciata, possiamo ancor oggi ammirare il caratteristico pulpito in peperino che consentiva la predicazione anche all'esterno della chiesa: questo fu eretto nel 1426, in memoria della visita di San Bernardino da Siena, e riporta scolpite queste parole “Divi Bernardini Sen. - Memoriae- Ob suas hic habitas- Declamationes – Asservatur”.

IL CONVENTO
Il Convento, che per la sua austerità e grandiosità fu spesso definito “il palazzo dei frati”, sorgeva verso il lato nord della chiesa e vide passare papi e imperatori, nonché inquietanti fatti di cronaca: riporta lo Scriattoli che nel 1456 furono impiccati nell'orto del convento Monaldo de' Monaldi e Valentino Tignosi, invitati con l'inganno dal Governatore del tempo e puniti perché rei di aver suscitato una rivolta e ucciso Guglielmo Gatti. Fu scelto dai Superiori dell'Ordine come scuola di formazione e nel 1590 ospitò il Capitolo Generale dei francescani, dove intervennero più di 1500 religiosi. Il 29 novembre 1873 lo Stato Italiano confiscò i beni degli Ordini Religiosi e la chiesa fu chiusa al culto, non senza suscitare rimostranze e sdegno da parte di molti consiglieri viterbesi che, in segno di protesta, si dimisero, lasciando il Comune in crisi. Nel 1885, a seguito di altre proteste per la manomissione della tomba di Clemente IV, la chiesa fu riaperta ai fedeli e dichiarata Monumento Nazionale. Tuttavia, rimase proprietà del demanio il Convento, già trasformato in caserma, cui anzi andò ad aggiungersi la Cappella Ceccolini per ampliare il quartiere militare. Sul terreno del lato sud, allora, dal 1908 fu costruito un nuovo alloggio per i conventuali, di più modeste dimensioni, ad opera di Alfonso Jacobelli, che fu anche Rettore di questa chiesa.

I CHIOSTRI
Inizialmente il Convento di S. Francesco era dotato di due chiostri, uno privo di fontana ed uno “vero claustro fontis”, come viene specificato in un atto del 14608. Il primo doveva essere piuttosto ampio e probabilmente precedeva la facciata della Chiesa, ma non se ne trova traccia già nelle vedute prospettiche di Viterbo del 1500. L'altro è ancora conservato, tuttavia trasformato e non accessibile perché inglobato nel Distretto Militare. Coperto da un portico ora scomparso, doveva essere preceduto da un vestibolo, interposto tra esso e la chiesa, e questo spiegherebbe l'assenza di elementi architettonici decorativi sulla facciata. Secondo la Valtieri, anche questo chiostro come la chiesa sarebbe stato rimaneggiato e sopraelevato durante il 600.

La chiesa fu devastata dal bombardamento del 17 gennaio1944 e la ricostruzione ripristinò l'assetto originario duecentesco, eliminando le aggiunte successive.

Nel 1949, Papa Pio XII elevò la chiesa a basilica minore,le sue insegne sono inserite sulla facciata sopra il portale romanico.