La chiesa di San Marco risale al 1198, una lapide posta sulla facciata della chiesa ricorda che papa Innocenzo III, in persona, partecipò alla sua consacrazione insieme a 15 cardinali il 1 dicembre di quell'anno.
L'interno della chiesa è di piccole dimensioni,tanto che lo Sciattoli in "Viterbo nei suoi monumenti", con una battuta si chiede come abbia fatto Innocenzo III a muoversi insieme a 15 cardinali in uno spazio così angusto.
L'architettura molto semplice, un'unica navata con il tetto a capanna, insieme alla sua semplicità, indicano chiaramente l'origine della chiesa, sorta per soddisfare le esigenze della contrada, situata fuori della cinta muraria più antica e abitata principalmente da contadini.
L'accesso alla chiesa avviene attraverso un portale posto alla sommità di una gradinata abbastanza alta dato che in origine doveva proteggere la chiesa dalle piene dell'Ulcionio, il torrente oggi interrato che scorreva nella vallata prospicente.
Particolare curioso della struttura è l'abside, orientata ad est e deviata a sinistra rispetto all'asse della chiesa. Secondo un'antica tradizione, potrebbe simboleggiare l'inclinazione della testa di Gesù sulla croce.
Abbastaza interessanti al suo interno sono i due tabernacoli in pietra, in stile tardo-romanico, che furono in uso fino alla metà del XVI secolo quando il concilio di Trento stabilì che il tabernacolo dovesse essere posto al centro dell'altare.
La chiesa, come molte altre a Viterbo ha subito dei danni durante i bombardamenti dell'ultima guerra.
Negli anni dell'immediato dopoguerra la chiesa è stata completamente restaurata, sono andate però perdute le quattro pale d'altare che ornavano le pareti.
Oggi al suo interno si può ammirare l'affresco dell'abside con il Padre Eterno benedicente in mezzo a san Pietro e san Paolo, risalente ai primi del '500 da alcuni attribuito a Giovan Francesco d'Avaranzano, detto il fantastico; sopra l'altare una pala con Madonna col bambino dello stesso pittore. Sulla parete di destra dell'abside, protetto da uno schermo di vetro, è visibile uno schizzo a carboncino raffigurante una testa femminile attribuito anch'esso a Giovan Francesco.
Un'altra pregevole opera pittorica di Francesco d'Antonio detto il Balletta e raffigurante San Marco, opera che fino a qualche anno fa si poteva ammirare su una parete della chiesa, è oggi, per misura precauzionale, conservata nella canonica.